Organy celne pobierają podatek od towarów i usług oraz podatek akcyzowy. Jednak kwestie podatkowe nie są uregulowane w Kodeksie celnym, bowiem przepis art. 2 § 4 kodeksu odsyła do przepisów odrębnych. Zasady powstawania i wykonywania oraz wygasania zobowiązań podatkowych, związanych z wprowadzaniem towaru na polski obszar celny lub z jego wyprowadzaniem z polskiego obszaru celnego oraz zakres praw i obowiązków organów celnych reguluje ustawa z dnia 8 stycznia 1993 r. o podatku od towarów i usług oraz podatku akcyzowym (Dz.U. Nr 11, poz. 50 z późn. zm.), a także przepisy wykonawcze wydane na podstawie ustawowego upoważnienia oraz ustawa z dnia 29 sierpnia 1997 r. – Ordynacja podatkowa (Dz.U. Nr 137, poz. 926 z późn. zm.). [...]