Organy Służby Celnej mają w zależności od prowadzonego przez nie postępowania status:
• organów podatkowych (art. 13 § 1 pkt 1 i 2 lit. a ustawy z dnia 29 sierpnia 1997 r. Ordynacja podatkowa, Dz. U. z 2005 r. Nr 8, poz. 60 ze zm.) - naczelnik urzędu celnego oraz dyrektor izby celnej jako organ odwoławczy od decyzji naczelnika urzędu celnego,
• organów postępowania przygotowawczego w sprawach o przestępstwa skarbowe i wykroczenia skarbowe (art. 118 § 1 pkt 3 i art. 133 § 1 pkt 1 ustawy z dnia 10 września 1999 r. Kodeks karny skarbowy, Dz. U. z 2007 r. Nr 111, poz. 765 ze zm.) – naczelnik urzędu celnego (wprawdzie art. 118 § 1 pkt 3 i art. 133 § 1 pkt 1 ustawy Kodeks karny skarbowy wskazują urząd celny jako organ prowadzący postępowanie przygotowawcze, jednak zgodnie z art. 9 ust. 1 ustawy z 27 sierpnia 2009 r. o Służbie Celnej (Dz. U. Nr 168, poz. 1323) organem Służby Celnej jest naczelnik urzędu celnego),
[...]